吕仙祠内的行宫分东、西两部分。东行宫位于吕仙祠三大殿（钟离殿、昌祖殿、卢生殿）东侧，坐北朝南，为二进式四合院建制，建筑面积五百四十平方米。正房面阔五间，进深一间，七檩前出廊，硬山卷棚琉璃瓦屋顶，两侧各有对称均匀的厢房四座。中间由一座面阔五间、进深一间，八檩带前后廊的过厅相隔，分成前后两进院。厢房四座，分布在前后两院，各为三间，进深一间，比正房略低，为五檩卷棚硬山式屋顶。在该院倒座房与过厅之间有一座六檩卷棚廊罩式垂花门。四根垂柱悬挂廊下，前后对称，柱头为含苞欲放的四朵莲瓣，雕工精细，造型优美，堪称上乘。垂花柱中间安装檐板，檐板下四周装帘笼坊，牙子雀替，更显衬了垂花门的堂皇富丽。从建制上来看，它应是在清乾隆十五年（公元1750年）所建行宫的基础上重建。不然也不会在县志上出现“规制宏敞，非复昔日之旧”的记载。如果此说法成立的话，该建筑距今已二百多年。

       西行宫位于三大殿西侧，由接官厅和西行宫两部分组成。西行宫为一进式四合院，正房同东行宫一样，面阔五间、进深一间，七檩前出廊，硬山卷棚布瓦顶；两侧为对称均匀的东西厢房。西行宫南面建有接官厅，接官厅面阔三间，进深两间，两侧为围廊；通过过厅与西行宫相通。过厅也同东行宫一样，面阔五间、进深一间，八檩带前后廊，卷棚硬山布瓦顶。

为什么邯郸城内行宫只有一座，而在吕仙祠内却建有东、西两座行宫，据我市文史专家梁辰先生考证，按照宫廷惯制，两宫是不能同居一院的。吕仙祠内的东行宫为光绪皇帝休憩之处，西行宫是慈禧太后休憩的地方。慈禧太后和光绪皇帝“路经黄粱梦昌仙祠，在行宫稍事停留（可能进了午膳）后，复启程”（见《邯郸历史大事编年》）。而邯郸城内的行宫慈禧太后驻跸的可能性较大，光绪皇帝可能住在县衙，因为在县志上也有“知县袭彦师即县署修建行宫，大堂、二堂及后楼但加补葺”的记载。由于县署早已不复存在，无法考证。

      从吕仙祠内的东、西行宫来看虽然也是按照宫室的建筑理念、建筑形制建设，但由于它位于吕仙祠内，也融入了道教的一些建筑理念。如接官厅就不是宫廷建筑的定制，应属道教建筑。同时，在西行宫和东行宫的四座厢房屋顶铺设青筒布瓦，也不符合宫室建筑定制。据作者分析，这可能是东、西行宫在重建施工中的一个失误。